À Coordenação Geral de Execução Orçamentária, Financeira e Contábil compete acompanhar, controlar e manter registro sobre a execução orçamentária e financeira das ações orçamentárias relativas ao FNAS; supervisionar as atividades relacionadas ao funcionamento dos fundos de assistência social estaduais, municipais e do Distrito Federal, inclusive quanto aos repasses fundo a fundo subsidiar a Diretoria-Executiva em resposta às demandas dos órgãos de controle interno e externo no que se refere à execução orçamentária e financeira.

Essa Coordenação Geral é responsável pela gestão orçamentária, financeira e contábil, englobando: empenho, liquidação, pagamento e contabilização de despesas referentes às transferências voluntárias (convênios e contratos de repasse) ou legais (fundo a fundo) e da execução descentralizada dos benefícios de prestação continuada (BPC) e da Renda Mensal Vitalícia (RMV).