À Coordenação Geral de Prestação de Contas compete supervisionar e orientar as atividades relacionadas à análise e ao acompanhamento de prestações de contas de convênios, instrumentos congêneres e transferências regulares e automáticas, efetuados por intermédio do FNAS.

A CGPC é responsável pela análise de prestação de contas, incluindo o atendimento às diligências encaminhadas ao FNAS pelos órgãos de controle interno e externo e o encaminhamento da proposta de Tomada de Contas Especial (reprovação das contas).